Майор, зам. командира эскадрильи военно-транспортного авиаполка, родился 12 октября 1951 г. в селении Сабунчи (г. Баку) Азербайджанской ССР, украинец. Окончил в 1968 г. среднюю школу № 70 г. Воронежа. В Вооруженные Силы СССР призван Ленинским РВК г. Воронежа 13 августа 1969 г. Окончил в 1973 г. Балашовское высшее военное авиационное училище летчиков. Проходил службу помощником командира корабля, командиром корабля в 600-м военно-транспортном авиационном полку, в 128-м гв. военно-транспортном авиационном полку (входили в состав 18-й гв. военно-транспортной авиационной дивизии военно-транспортной авиации ВВС). В 1978 г. присвоено звание «Военный летчик 1-го класса». В Республике Афганистан — с февраля 1984 г. Совершил несколько десятков полётов по перевозке груза по маршруту Ташкент — Кабул. Погиб 27 октября 1984 г.
Когда заходит речь о действиях авиации в Афганистане, то говорят о вертолетчиках, летчиках-истребителях, боевых операциях, тактических приемах. Это, безусловно, справедливо, однако «за кадром» часто остается работа незаметных тружеников войны — военно-транспортной авиации, осуществляющей перевозки личного состава, боевой техники, боеприпасов. Именно на них ложилась вся тяжесть перевозок в критические моменты, когда доставить грузы наземным транспортом не было возможности или поджимали сроки.
Полеты в Афганистан для транспортников, таких как Ил-76, бравших на борт десятки тонн грузов, всегда были нелегким испытанием. При заходе на посадку на аэродром Кабул, чтобы снизить вероятность поражения зенитным огнем душманов, машина снижалась на взлетно-посадочную полосу по крутой спирали и с большим креном и вертикальной скоростью. Удержать такую машину, благополучно посадить — какой для этого требовался профессионализм и мужество. В таких ситуациях резко возрастала нагрузка не только на технику, но и экипаж. И все же они бесперебойно летали по этому воздушному мосту Ташкент-Кабул. И во время войны в Афганистане, и после вывода войск. И погибали…
В тот день, 27 октября 1984 года, при заходе на посадку в 20 км юго-восточнее аэропорта Кабул Ил-76 был сбит зенитной ракетой и разбился. На борту находилось 11 человек: 7 членов экипажа, 4 пассажира. Вместе с командиром корабля майором Бондаренко Юрием Федоровичем погибли члены экипажа: помощник командира корабля старший лейтенант Кайков Сергей Михайлович, штурман капитан Гладыш Иван Артемьевич, бортинженер капитан Вакуленко Анатолий Михайлович, борттехник по авиационному и десантному оборудованию капитан Гурулёв Александр Антонович, старший воздушный стрелок прапорщик Архипов Николай Анатольевич, радист прапорщик Слободян Богдан Евстафьевич. Пассажиры: заместитель начальника Управления военной торговли подполковник Шинкаренко Анатолий Максимович, старший товаровед служащий Советской Армии Шульган Владимир Михайлович, товароведы служащие СА Врублёвская Татьяна Анатольевна и Калганова Галина Александровна. На борту был сугубо мирный груз — товары для военторговских магазинов.
Юрию Бондаренко на момент гибели было 33 года. Это был уже опытный летчик — семь лет пилотировал Ил-76 в должности командира корабля. Имел за плечами приличный налет. В его личном деле есть любопытный документ — «Лист учета летной работы». При установленной норме налета — 80 часов за год — его фактический налет на самолетах с реактивными двигателями в период с 1973 г. по 1975 г. составлял от 115 до 334 часов. С 1976 г. по 1983 г. при норме в 70 часов фактический годовой налет — от 135 до 298 часов. Но даже такие опытные летчики бессильны против зенитных ракет.
В то время когда Юрий Бондаренко был в Афганистане, его семья проживала в г. Паневежис Литовской ССР. У них с женой, Людмилой Леонидовной, были дочери — Наталья и Лилия. Когда отец отправлялся в Афганистан, одной из них было десять лет, второй — пять.
Награжден орденом Красного Знамени (посмертно). Похоронен на городском кладбище в Паневежисе (Литва).
Родители офицера, Федор Иванович и Ольга Ивановна Бондаренко, с начала 60-х годов проживают в г. Воронеже.